Kehilangan orang yang dicintai begitu menyakitkan sehingga terkadang seseorang berharap dapat membangkitkan mereka — kelemahan yang dieksploitasi oleh Millennium Earl yang penuh teka-teki. Untuk membuat senjata mekanisnya dikenal sebagai "Akuma", dia menggunakan jiwa orang mati yang dipanggil kembali. Begitu jiwa ditempatkan di Akuma, ia akan terperangkap selamanya, dan satu-satunya cara untuk menyelamatkan mereka adalah dengan mengusir mereka dari kapal mereka menggunakan senjata Anti-Akuma, "Innocence." Setelah menghabiskan tiga tahun sebagai murid General Cross, Allen Walker dikirim ke Black Order — sebuah organisasi yang terdiri dari mereka yang bersedia melawan Akuma dan Millennium Earl — untuk menjadi Exorcist resmi. Dengan lengan sebagai Innocence-nya dan mata terkutuk yang dapat melihat jiwa-jiwa yang menderita di dalam Akuma, terserah Allen dan sesama Exorcist untuk menghentikan plot pamungkas Millennium Earl: yang dapat menyebabkan kehancuran dunia.